Glikogen saqlovchi kasalliklar glikogen yomon saqlanishi yoki parchalanishiga olib keladi, mushaklar, jigar va boshqa organlar ta'sirlanadi. Taxminan 12 tur mavjud, eng keng tarqalganlari Pompe kasalligi, Maqardl kasalligi va Fon Gierke kasalligidir