XIII asrdan XVI asrgacha Yaponiyaning o'rta asrlar davlat tuzilishi shogunlar tomonidan boshqarilardi. Shogunatlar davrida siyosiy hokimiyat deyarli butunlay harbiy mamlakat boshqaruvchilari – samuraylar qo'lida edi. Kamakura shogunligi (1185-1333) va Ashikaga shogunligi (1336-1573) yapon tarixida muhim rol o'ynagan