Vazirlar Mahkamasi tarixi Sovet davriga borib taqaladi: Oʻzbekiston SSRda Vazirlar Soveti shaklida ishlagan. Mustaqillikdan soʻng 1991 yilda ijro etuvchi hokimiyat strukturasi qayta tashkil etilib, 1992 yilda qabul qilingan Konstitutsiya baza sifatida Vazirlar Mahkamasi instituti shakllandi. 1990‑yillar va 2000‑yillarda koʻplab tarkibiy hamda funksional islohotlar amalga oshirildi. Bugungi Vazirlar Mahkamasi prezident siyosatini amaliyotga tatbiq etadi va ijro hokimiyatini boshqaradi