Qoraqalpogʻiston Respublikasi hududi qadimda Xorazm madaniyati, turkiy qabilalar va Kipchak taʼsiri ostida shakllangan. 13-asrda moʻgʻul bostirishlari, keyinchalik Xiva xonligi va Rossiya imperiyasi taʼsiriga o‘tdi. Sovet davrida Oʻzbekiston SSR tarkibiga kiritildi. 1991-yilda mustaqillik bilan Oʻzbekiston tarkibida maqomi saqlab qolinadi.