Qoʻqon xonligida maorif tizimi an'anaviy islomiy ta'limga asoslangan edi. Dastlabki ta'lim maktab va madrasa orqali amalga oshirilgan. Madrasa esa yuqori ta'lim maskani hisoblanib, islom falsafasi, fiqh, adabiyot va astronomiya bo‘yicha darslar o‘tilgan