Qoʻqon xonligida xon markaziy hokimiyat egasi boʻlib, siyosiy, harbiy, moliyaviy va sud vakolatlariga ega edi. Xon farmonlar orqali qonun va soliqlarni belgilash, armiya va harbiy bo‘linmalarni boshqarish, amirlik va viloyat hokimlarini tayinlash va lavozimdan ozod etish, tashqi siyosat va sulh-bitimlarni tuzish, yer va mol-mulklarni taqsimlash vakolatlarini amalga oshirardi.