Mikrobiologiyaning dastlabki tarixiy ildizlari miloddan avvalgi davrlarga borib taqaladi, ammo u haqiqiy fanga XVIII asrda aylangan. Antoni van Levenguk birinchi bo'lib mikroskop yordamida mikroorganizmlarni kuzatdi va ularni "animalkules" deb atadi. Louis Pasteur mikroorganizmlarning fermatsiya va kasallik jarayonlaridagi rolini o'rganib, mikrobiologiyaga katta hissa qo'shdi