Mustaqillik yillarida Qoraqalpog‘iston Respublikasi Oʻzbekiston Konstitutsiyasida avtonom respublika sifatida tan olindi. Avtonomiya huquqlari ichida oʻz Konstitutsiyasini qabul qilish, davlat ramzlari va rasmiy tilni belgilash, respublika parlamenti va hukumatini tashkil etish, mahalliy qonunlar qabul qilish va milliy madaniyatni himoya qilish huquqlari mavjud