Mass-spektroskopiyaning asosiy prinsiplari modda tarkibini aniqlash uchun ionlarni massaga nisbatan analiz qilishdan iborat. Ionsiyalar manbasi sifatida elektr yoki lazer zaryadlari ishlatiladi. Mass-analizator turli usullarda — kvadrupol, vaqt-uchish (ToF) yoki magnit maydon yordamida — ionlarni ajratadi