Tabiiy muhitning ifloslanishi tabiiy omillar va inson faoliyati bilan bog’liq tarzda ro’y berishi mumkin. Tabiiy ifloslanishning asosiy manbalari: vulqon otilishi, zilzila, sel, yong’inlar, ko’chki, suv toshqini, kuchli shamollar kabi tabiiy jarayonlar natijasida sodir bo’ladi. Bu turdagi ifloslanish bevosita tabiiy jarayonlar bilan bog’liq bo’lib, unda inson ishtiroki bo’lmaydi