Mikrobial ekologiya – mikroorganizmlar va ularning atrof-muhit o'rtasidagi o'zaro ta'sirni o'rganadigan fan bo'lib, ekotizimlarning 90% dan ortiq biomassasini tashkil qiladi. U biosferadagi biogeokimyoviy sikllarda muhim rol o'ynaydi, masalan, uglerod, azot va fosforning aylanishi, bu orqali global ekologik muvozanatni saqlaydi