Denitrifikatsiya jarayoni tuproq va suv ekotizimlarida azotni kamaytirib, atrof-muhitni toza saqlashga yordam beradi. U azotli moddalarni azot gaziga aylantirib, suv havzalarida eutrofikatsiyaning oldini oladi va qishloq xo'jalik yerlarida tuproq sog'lig'ini saqlaydi