Mikroorganizmlar antibiotiklardan himoyalanish uchun bir nechta mexanizmlarni rivojlantirgan. Efflyuks pompasi deb atalgan tizim orqali antibiotiklarni hujayradan chiqarib yuborish ham keng tarqalgan. Genetik o'zgarishlar yoki mutatsiyalar ham rol o'ynaydi