Fermentlar muhandisligi asoslari biotexnologiya sohasida muhim qism hisoblanadi. Ushbu yo'nalish fermentlarni ishlab chiqarish, modifikatsiya qilish va qo'llash usullarini o'rganadi. Fermentlar biologik katalizator bo'lib, kimyoviy reaksiyalar tezligini oshiradi