Indoneziya transport tizimi juda murakkab va ko'p qirrali hisoblanadi. Mamlakatdagi eng mashhur transport vositalari - mototsikllar va skuterlar bo'lib, Jakarta shahrida kuniga qariyb 20 milliondan ortiq yo'lovchi tashiladi. Indoneziyada 500dan ortiq aeroport mavjud bo'lib, ulardan eng yirigi Soekarno-Hatta Xalqaro aeroportidir