Qoraqalpog'istonning tabiiy ekotizimlarga bo'linishi geografik joylashuvi hamda mintaqaning tabiiy resurslar bilan boyligi bilan bog'liq. Ushbu hudud asosan Orol dengizi havzasi bilan cheklanadi va ekologik o'zgarishlar, xususan, Orol dengizining qisqarishi va cho'llanish kabi jarayonlar bilan qiziqish uyg'otmoqda