Gen mutatsiyasi molekulyar darajada ro‘y beradi. Bunday mutatsiyani hatto elektron mikroskop yordamida ham ko‘rib bo`lmaydi. Gen mutatsiyasi ko‘p hollarda fenotipda yangi belgini rivojlantiradi. Gen mutatsiyalari ikki turga bo`linadi.Uning bir turi DNKdagi nukleotidlar o‘rin ayirboshlanishi bilan tavsiflanadi.