Filogenetika filogeniyani ilmiy oʻrganuvchi fandir. Filogeniya organizmlarning taksonomik guruhining evolyutsiya tarixiga tegishli. Shunday qilib, filogenetika, asosan, evolyutsion o'xshashlik va farqlarga ko'ra organizmning boshqa organizmlar bilan munosabatlari bilan bog'liq. Shuning uchun filogenetika biologik sistematikaning bir qismi bo'lib, u kengroq qamrovga ega. Ikkinchisi nafaqat organizmlarning filogenetikasini, balki organizmlarni aniqlash va tasniflashni ham o'z ichiga oladi. Bu, shuningdek, organizmlarni topish, tavsiflash, tasniflash va nomlash, shu jumladan taksonlar o'rtasidagi munosabatlarni va bunday tasniflash asoslarini o'rganish bilan shug'ullanadigan fanning bir tarmog'i bo'lgan taksonomiya bilan ham bog'liq. Filogenetika organizmlarni tasniflash va identifikatsiyalash haqida gap ketganda taksonomiyaga ma'lumot beradi.