Бухоро амирлигида давлат амалда ва расман деярли чекланмаган ҳуқуқларга эга бўлган давлат бошлиғи - амир томонидан бошқарилар эди. Давлат Бухоро амири ва унинг авлодларининг мулки ҳисобланиб, ундаги давлат бошқарув усуллари ўрта аср мусулмон давлатларидан деярли фарқ қилмаган